De GHOR werkt tijdens een ramp of crisis samen met de zorginstellingen en zorgverleners in de witte kolom, en daarnaast met brandweer, politie en gemeenten. Verder werkt de GHOR samen met bijvoorbeeld waterschappen, milieudiensten en Defensie. Bij een (dreigende) ramp of crisis wordt een aantal coördinatiestructuren actief, die een deel van de keten aansturen.
GHOR-functionarissen die actief zijn tijdens een ramp of crisis ('de warme fase') werken samen op een van de volgende niveaus:
Het gaat hier om de operationele leiding op de plaats van een incident, uitgevoerd door een multidisciplinair team. Vanuit de GHOR neemt de OvD-G (Officier van Dienst-Geneeskundig) zitting in dit team. In Amsterdam-Amstelland gaat de OvD-G (Officier van Dienst - Geneeskundig) over het bron- en effectgebied. Wat de OvD-G (Officier van Dienst - Geneeskundig) niet kan overzien/aankan wordt monodisciplinair bij de Algemeen Commandant en/of het Actiecentrum GHOR weggezet.
De MKA (Meldkamer Ambulancezorg) is verantwoordelijk voor de alarmering van GHOR-functionarissen, het gewondenspreidingsplan, het ambulancebijstandsplan en het slachtofferbeeld. In de eerste fase van het incident is de MKA (Meldkamer Ambulancezorg) het informatieknooppunt en onderhoudt de contacten met de GHOR-functionarissen en de zorginstellingen. Zodra het Actiecentrum GHOR operationeel is neemt het AC-GHOR (Actiecentrum GHOR) deze taken over van de MKA (Meldkamer Ambulancezorg) over. De MKA (Meldkamer Ambulancezorg) blijft verantwoordelijk voor de alarmering, de gewondenspreiding, de paraatheid van ambulances, slachtofferbeeld en voor het vervoer van slachtoffers.
Het Actiecentrum GHOR (Ac-GHOR) heeft een belangrijke taak in de informatie-uitwisseling binnen de GHOR en tussen de GHOR en de verschillende zorginstellingen. Ook de registratie van slachtoffers behoort tot de taken van het Actiecentrum. Het Actiecentrum wordt bemand door een Hoofd Ondersteuning (HOn) en een Hoofd Informatie (HIn). De ACGZ (Algemeen Commandant Geneeskundige Zorg) en de OvD-G (Officier van Dienst - Geneeskundig) kunnen taken uitzetten bij het AC-GHOR (Actiecentrum GHOR).
Dit team bestaat uit functionarissen van de verschillende hulpdiensten, die de inzet van hun operationele diensten op afstand leiden in overleg met het CoPI (Commando Plaats Incident). De Algemeen Commandant Geneeskundige Zorg (ACGZ) geeft intussen leiding aan de monodisciplinaire kolom (o.a. via de OvD-G (Officier van Dienst - Geneeskundig) en het HIn/HOn) en stemt multidisciplinair af met de andere Algemeen Commandanten.
Bij rampen en crises wordt onderscheid gemaakt in ‘brongebied' en ‘effectgebied'. Het brongebied is de plaats van het incident. Het effectgebied is het gebied daarbuiten, waar het incident effecten heeft op de omgeving. Dit kan beperkt zijn tot de eigen regio, maar het kan ook bovenregionaal zijn. Het ROT (Regionaal Operationeel Team) houdt zich vooral bezig met het effectgebied. In Amsterdam-Amstelland behoort ook het effectgebied tot de verantwoordelijkheid van het CoPI (Commando Plaats Incident).
Dit team ondersteunt de burgemeester van een getroffen gemeente om op bestuurlijk niveau sturing te geven aan de bestrijding van de gevolgen van een ramp. Vanuit de GHOR neemt de (operationeel) Directeur Publieke Gezondheid (DPG) zitting in dit team. Deze adviseert de burgemeester over zaken die betrekking hebben op de GHOR in relatie tot het multidisciplinair optreden. De Directeur Publieke Gezondheid geeft direct leiding aan de Algemeen Commandant en het Lid Interface.